ถึงแม้จะเป็นชื่อเมอร์คเหมือนกัน แต่ก็ไม่ใช่บริษัทเดียวกัน

การมีชื่อซ้ำกันนี้ ก่อให้เกิดความสับสนขึ้นหลายต่อหลายครั้ง เนื่องจากความเกี่ยวข้องทางธุรกิจระหว่างเมอร์ค เคจีเอเอ ในเมืองดาร์มสตัดท์ และ เมอร์ค แอนด์ โค ที่ดำเนินธุรกิจด้านเวชภัณฑ์ในสหรัฐอเมริกานั้นได้สิ้นสุดลงนานแล้ว บริษัท เมอร์คในเมืองดาร์มสตัดท์ เป็นบริษัทที่ดำเนินธุรกิจด้านเวชภัณฑ์ และ เคมีภัณฑ์ที่เก่าแก่ที่สุดในโลก และยังคงประสบความสำเร็จอย่างสูงจนถึงปัจจุบันในธุรกิจด้านเวชภัณฑ์ และเคมีภัณฑ์  ในขณะที่เมอร์ค แอนด์ โค ได้แยกตัวออกไปเป็นบริษัทอิสระหลังจากสงครามโลกครั้งที่ 1

บริษัท เมอร์คถือกำเนิดขึ้นที่เมืองดาร์มสตัดท์ ที่ซึ่งมิสเตอร์ เฟรดริก จาคอบ เมอร์ค ได้ซื้อกิจการร้านขายยา เอนเจล อโพธีค (ร้านขายยา เอนเจล) ในปี 2211 ต่อมาในปี 2370 มิสเตอร์ เฮนริช เอมมานูเอล เมอร์ค ได้เริ่มต้นผลิตอัลคาลอยด์ สารสกัดจากพืช และ เคมีภัณฑ์อื่นๆในระดับอุตสาหกรรมขึ้น หลังจากที่ธุรกิจการส่งออกไปยังประเทศอเมริกาประสบความสำเร็จอย่างสูง สาขาในนิวยอร์ค จึงได้เกิดขึ้นในปี 2430 ภายใต้การบริหารของมิสเตอร์ จอร์จ เมอร์ค ซึ่งเป็นหลานของมิสเตอร์ เฮนริช เอมมานูเอลนั่นเอง ต่อมาบริษัท เมอร์ค แอนด์โคได้ถูกก่อตั้งขึ้นในปี 2434 แต่เนื่องจากผลของสงครามโลกครั้งที่ 1 ทำให้บริษัทเมอร์ค แอนด์โค ถูกยึดทรัพย์ และกลายเป็นบริษัทอิสระสัญชาติอเมริกันในที่สุด

ปัจจุบันทั้งสองบริษัท ต่างไม่มีส่วนเกี่ยวข้องกันไม่ว่าทางหนึ่งทางใด -- เว้นแต่เพียงชื่อเมอร์คเท่านั้นที่ยังคงใช้เหมือนกันอยู่ โดยบริษัท เมอร์ค แอนด์โค ได้รับสิทธิ์ตามกฎหมายที่จะใช้ชื่อนี้ในการดำเนินธุรกิจภายในอเมริกาเหนือเท่านั้น  แต่สำหรับประเทศอื่นๆจะต้องดำเนินธุรกิจภายใต้ชื่อ เมอร์ค ชาร์ป แอนด์ โดห์ม (เอ็มเอสดี) หรือ เอ็มเอสดี ชาร์ป แอนด์ โดห์ม ส่วนบริษัทเมอร์ค เคจีเอเอ ได้รับสิทธิในการดำเนินธุรกิจในประเทศอื่นๆทั่วโลก ส่วนการดำเนินธุรกิจในอเมริกาเหนือนั้น จะกระทำภายใต้เครื่องหมายการค้า อีเอ็มดี ซึ่งมาจากอักษรตัวแรกของ เอมมานูเอล เมอร์ค และ ดาร์มสตัดท์